Nel novembre del 1937 Schacht si dimise dalla carica di Ministro dell’Economia. Le divergenze con i nazisti sulla gestione finanziaria e sulla politica industriale della Germania si fecero sempre più grandi. Su pressioni di Hitler rimase nel governo come ministro senza portafogli e senza incarichi fino a quando nel gennaio del 1943 non fu licenziato. Rimase presidente della Reichsbank fino al 20 gennaio del 1939.
Schacht di fatto era stato allontanato dai principali incarichi di potere che aveva ricoperto negli anni ’30 e all’inizio della guerra la sua influenza era di fatto inesistente. Pur essendosi iscritto al partito nazista dopo la guerra negò tale affiliazione. Sul finire della guerra fu arrestato per sospetto fiancheggiamento nell’attentato a Hitler del luglio del ’44. Pur non avendovi preso parte fu considerato pericoloso e passò i mesi successivi in vari campi di concentramento. Liberato dagli alleati il 30 aprile del 1945 in una prigione dell’Alto Adige insieme ad altri detenuti “speciali”, fu comunque processato a Norimberga.
Al processo intentato dagli alleati si dichiarò non colpevole e fu infine assolto dal tribunale. Arrestato di nuovo, questa volta dalle autorità tedesche della nuova repubblica, fu condannato ad 8 anni ma nel successivo appello fu scagionato. Scrisse anche un libro di memorie: Abrechnung mit Hitler, nel quale cercava di prendere le distanze dal suo passato nazista.
